廷东正教的各种典章制度按照拜占庭方式加以改革，统一各地教会宗教活动。大牧首尼孔的改革活动在大贵族和教会中间引发了恐慌，因为此前人们一致认为莫斯科就是第三个罗马，是拜占庭帝国的继承人，但高于拜占庭。
而现在要把莫斯科教廷的宗教礼仪按照拜占庭方式改革，是不能被接受的。尼孔还提出，俄罗斯沙皇应该成为整个东正教世界的统治者，而俄罗斯的首都应该定于康斯坦丁堡，莫斯科及全俄东正教大牧首，应该成为整个东正教世界的精神领袖。这个想法得到了沙皇的。
在俄波战争爆发后，沙皇阿列克谢率兵亲征，在此期间大牧首尼孔，成为实际上的政府首脑。尼孔推行的改革措施引发了莫斯科贵族和教会的不满，进一步造成了东正教会分裂。
最终，贵族和教会一致拒绝尼孔公改革的旧礼仪派从莫斯科东正教会中分裂出去……
当申万留夫将军回到莫斯科后，秉承沙皇陛下的旨意，他和尼孔紧密的联合到了一起，并且希望借助这个机会，来完成尼孔所谓的改革，一举镇压俄罗斯国内一切反对改革的势力，剔除对沙皇不满的人，来稳固阿列克谢的统治，并且最终得到沙皇陛下想要的东西。
也许阿列克谢的想法是正确的，但他绝对想不到的是，在莫斯科绝大部分的贵族，以及教会成员已经秘密和明朝走到了一切，往来于他们之间的使者络绎不绝，一封封书信不断往来于俄罗斯和明军之间，一场波及整个俄罗斯的动荡，正在悄悄地拉开帷幕……
沙皇阿列克谢并不知道，他即将失去一切，莫斯科或者自己的权利，他坚定的信念，俄罗斯在自己的统治下，一定能走出目前的困境。他更加不相信的是，他所信任的那些莫斯科的大臣们，会出卖自己以及俄罗斯的国家利益。毕竟，他是神圣的沙皇陛下
但是尼孔对此担忧不已，看着毫不在意的申万留夫将军，他只能把这个难题留给了自己。他亲笔给沙皇陛下写了一封信，详细阐述了莫斯科现在的恶劣状况，以及很有可能在短期内突然爆发的政变，他无比热切地恳求，沙皇陛下现在应当立即回到莫斯科以稳定目前的局势。
但是让他的遗憾的是，正在这封信刚刚写完，还没有来得及送出去的时候，在六月二十九日，足以让俄罗斯毁灭的“莫斯科之乱”，在突然之间爆发了。
这是由大贵族季瓦略克、修道院大修士米洛拉，所共同领导的一次政变，几乎整个莫斯科都被牵连了进去，那些对沙皇失去信心的贵族们和教会，全部参与到了政变之中。
在完全没有准备的情况下，大牧首尼孔和申万留夫将军，全部遭到了逮捕，到了次日凌晨，整个莫斯科全城，已经完全为政变者所控制！
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